巧克力囊肿除了让女性在每个经期痛苦万分之外，引起的最大麻烦就是不孕，因为它会伤害到体内的组织，如果在肠胃附近，就会造成腹泻肠胃疼痛；如果是在卵巢，就会影响到卵巢、输卵管功能，造成不孕，严重的巧克力囊肿甚至从根本上颠覆女性做母亲的天职。
巧克力囊肿三大早期症状早期症状一：不正常的经痛。痛经是子宫内膜异位最明显的症状，却是最容易忽略的先兆。
早期症状二：性变疼痛。这也是一个明显的信号，可能还伴有点状出血。
早期症状三：没有避孕也不会怀孕。在不孕的女性中，子宫内膜异位造成的不孕占有很高的比例。
在很多子宫内膜异位是B超也不一定查得出来的。医生有时可能通过内诊接触到异物，但最准确的方法还是腹腔镜的检查。用腹腔镜检查时可以顺带做处理，加上术后的药物治疗常可以痊愈。由于一般的体检往往不能查出子宫内膜异位，所以更要提高警惕。
巧克力囊肿的B超检查特点在临床上有经验的医生根据B超检查，结合临床的表现一般就可以确诊，巧克力囊肿的声像图特点为圆形或椭圆形的低回声区，囊壁相对较厚，厚度基本均匀，边界往往因粘连而欠清，囊壁由于液体粘稠及血块粘附而不平，囊液透声差，内部含大量细小密集光点，而成低回声，时间较长的囊肿内可以有凝固的血块，而出现中高回声区，使内部回声不均匀，形态不规则，囊腔内还可探及纤维组织形成的光带，构成完全性或不完全性分隔，彩色多谱勒囊壁可探及阻力较高的血管。
较小的卵巢巧克力囊肿，通常不易发生破裂。卵巢巧克力囊肿的药物治疗效果差，难以消除巧克力囊肿，当囊肿增大到3厘米以上，自发破裂的风险开始出现，并逐渐增加，它长到一定大小，自发破裂常难以避免。因此，它的确是藏在盆腔内的“炸弹”，说不定何时会发生“爆炸”。
因此确诊为卵巢巧克力囊肿，直径达到或超过3厘米者，应接受手术，清除“炸弹”爆炸的危险。此时手术多采取巧克力囊肿剥除术，从而最大限度地保留了正常的卵巢组织，传统剖腹手术或腹腔镜手术都能达到治疗目的。术后还需要服用药物巩固疗效，这对防止卵巢巧克力囊肿的复发有着重要意义。
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